Jean thừa kế Công quốc Bourgogne vào năm 1404 sau khi cha mình qua đời và các lãnh địa bá tước Flanders, và Artois sau khi mẹ qua đời vào năm 1405. Ông gần như ngay lập tức xung đột với Công tước Louis xứ Orléans, em trai vua Charles VI. Cả hai người đều cố gắng lấp đầy khoảng trống quyền lực do vị vua bị bệnh mất trí để lại.[2]

Jean đã chơi một trò luẩn quẩn với hôn nhân bằng cách hoán đổi vị tri con gái Marguerite cho Michelle xứ Valois, người sẽ kết hôn với người thừa kế của ông, Philippe III. Về phần mình, Marguerite đã kết hôn với Louis, Công tước xứ Guyenne, người thừa kế ngai vàng Pháp từ năm 1401 cho đến khi ông qua đời năm 1415. Vì tất cả sự tập trung vào chính trị quý tộc, Jean vẫn không bỏ qua tầm quan trọng của tầng lớp thương nhân trung lưu và thợ buôn bán hoặc Đại học Paris.[2]

Louis đã cố gắng giành được sự sủng ái từ vợ của Charles VI, vương hậu Isabeau của Pháp, và có thể ông đã trở thành người tình của bà. Sau khi con rể của ông, Dauphin Louis, liên tiếp bị bắt cóc và được cả hai bên phục hồi, Công tước xứ Bourgogne đã tìm cách được bổ nhiệm theo sắc lệnh hoàng gia — trong một trong những giai đoạn "vắng mặt" của Nhà vua khi bệnh tâm thần biểu hiện - làm người giám hộ của Dauphin và những đứa con của Vua. Tuy nhiên, điều này không cải thiện quan hệ giữa Jean và Công tước xứ Orléans, thậm chí còn làm bùng nổ xung đột công khai giữa họ.[cần dẫn nguồn] Trong những nỗ lực hòa giải nhằm tránh một cuộc nội chiến, Công tước Jean xứ Berry đã yêu cầu cả hai người phải tuyên thệ hòa giải trước triều đình vào ngày 20 tháng 11 năm 1407; nhưng chỉ ba ngày sau, vào ngày 23 tháng 11 năm 1407, Louis bị ám sát dã man trên đường phố Paris.[2] Không ai nghi ngờ gì, mệnh lệnh đến từ Công tước xứ Bourgogne, người ngay sau đó đã thừa nhận chủ mưu và tuyên bố đó là một hành động chính đáng. Theo Thomas Walsingham, công tước Orléans chỉ đơn giản là nhận lấy những báo ứng vì ông ta đã "tự sướng với gái điếm, loạn luân" và đã ngoại tình với vợ của một hiệp sĩ giấu tên, người đã trả thù ông ta bằng cách giết ông ta dưới sự bảo vệ của Công tước xứ Bourgogne.[cần dẫn nguồn] Sau khi trốn thoát khỏi Paris và một vài cuộc giao tranh với nhóm Orléans, Jean đã thu phục được sự sủng ái của Nhà vua. Trong hiệp ước Chartres được ký vào ngày 9 tháng 3 năm 1409, Nhà vua đã tha tội cho Công tước xứ Bourgogne, ra lệnh cho ông và con trai của Louis là Charles cam kết hòa giải. Một sắc lệnh sau đó đã đổi mới quyền giám hộ Dauphin của Jean.[2]

Ông tiến xa hơn đến việc đảm bảo Vương quyền cho chính mình khi xử tử Jean de Montagu, Đại tổng quản của Pháp (Grand Maître de France), một cận thần của của nhà vua thuộc cánh Orlean. Lợi dụng một cuộc nổi loạn của Charles, Montagu bị bắt và bị xử chặt đầu tại Gibbet của Montfaucon vào ngày 17 tháng 10 năm 1409, sau một phiên tòa chóng vánh gồm toàn những quý tộc phe Bourgogne.[4]

Ngay cả khi cuộc tranh chấp ở Orléans được giải quyết có lợi cho mình, Jean vẫn không được yên ổn. Charles chỉ mới 14 tuổi vào thời điểm cha mình bị sát hại, buộc phải phụ thuộc rất nhiều vào các đồng minh để hỗ trợ yêu cầu của cậu đối với tài sản đã bị tịch thu từ Jean. Đứng đầu trong số các đồng minh này không ai khác chính là cha vợ của cậu, Bernard VII, Bá tước xứ Armagnac. Vì liên minh này, phe của họ được gọi là Armagnacs, đối lập với phe Bourgogne. Với hòa bình giữa các phe phái được tuyên thệ một cách long trọng vào năm 1410, Jean trở về Bourgogne và Bernard ở lại Paris, nơi ông được cho là đã ngủ chung giường của vương hậu. Đảng Armagnac không bằng lòng với mức độ quyền lực chính trị của mình, và sau một loạt các cuộc bạo động và tấn công chống lại người dân, Jean bị triệu tập về thủ đô, sau đó được gửi trở lại Bourgogne vào năm 1413. Lúc này, vua Henry V của Anh xâm lược lãnh thổ Pháp và đe dọa tấn công Paris. Trong các cuộc đàm phán hòa bình với phe Armagnacs, Henry cũng tiếp xúc với Jean, người đang muốn giành quyền kiểm soát nước Pháp từ tay Vua Charles VI. Mặc dù vậy, ông vẫn tiếp tục cảnh giác về việc thành lập một liên minh với người Anh vì sợ phá hủy sự nổi tiếng to lớn của ông với người dân Pháp. Khi Henry yêu cầu sự ủng hộ của phe Bourgogne cho việc tuyên bố ông là Vua hợp pháp của Pháp, nhưng Jean đã rút lui và quyết định liên minh với phe Armagnacs.[cần dẫn nguồn] Quân đội của ông đã không tham gia Trận Agincourt năm 1415, mặc dù hai em trai ruột của ông, Antoine, Công tước xứ Brabant, và Philippe II, Bá tước xứ Nevers, đã hy sinh khi chiến đấu cho Pháp trong trận chiến.[2]